Melihat kenyataan bahwa pada akhir dekade lima puluhan kita Bangsa Indonesia masih sangat kekurangan dokter dan cukup banyak lulusan SMA B yang berniat melakukan studi lanjut dalam bidang ini terutama yang berada di wilayah bagian utara kawasan timur Indonesia, maka timbullah gagasan dari masyarakat terutama dari kalangan medis di Manado dan sekitarnya untuk mendirikan Fakultas Kedokteran (FK) di Manado.
Gagasan ini kemudian menjadi kenyataan, sebab ada peluang untuk mendirikan Fakultas Kedokteran yang bernaung di bawah Universitas Sulawesi Utara (UNSUT, cikal bakal Universitas Sam Ratulangi) yang pada waktu itu akan diakreditasi. Syarat akreditasinya adalah UNSUT minimal harus memiliki dua fakultas eksakta. Ketua Presidium UNSUT saat itu adalah Drs. W.F.J.B. Tooy, Sekretaris Drs.Tom Lalisang, dan Ketua Dewan Kurator J.P. Mongula, menunjuk dr. R.D. Kandou sebagai formatur pembentukan Fakultas Kedokteran di Manado. Hasil pembentukan Fakultas Kedokteran ini serta penyusunannya yang dapat diinventarisasi adalah Ketua dr. R.D. Kandou dan Sekretaris dr. C.S. Richter. Sedangkan para dosen dan asisten adalah sebagai berikut dr. Liem Soei Diong (dr. D.S. Kapojos), dr. Que Giok Tong, dr. Sie Tjoan Po, dr. R. Mochtar, Drh. J.A. Kaligis, Drh. W. Ratulangi, Fr. Florentiano, Fr. Hendrikus Schoen, J.M – Caleb (merangkap Kepala Tata Usaha), B. Demasabu, BA; B. Dundu, BA; Nn. Rambitan, BA; Nn. J. Rondonuwu, BA; Nn. Walalangi, BA; D.J. Mursid, Eddy Kawengian, Nn. A. Loing, Ny. van Sluys. Para tenaga administrasi adalah Ny. S. Pelengkahu, G. Rompas, dan W. Tan.
Fakultas Kedokteran UNSUT di Manado didirikan pada tanggal 28 Mei 1959, berdasarkan Surat Pekuper Nomor 552/Pet/Pekuper/1958 tertanggal 5 Mei 1959 yang selanjutnya diakui sebagai Fakultas Kedokteran Negeri pada tanggal 26 Desember 1961 berdasarkan surat keputusan Menteri Perguruan Tinggi dan Ilmu Pengetahuan RI Nomor 824/UP/II/61 dan kemudian dengan Surat Keputusan Presiden RI Nomor 227 Tahun 1965 ditetapkan sebagai Fakultas Kedokteran Universitas Sam Ratulangi Manado. Nama Universitas yang menaungi Fakultas Kedokteran dalam perkembangannya beberapa kali berganti nama yaitu mula-mula Universitas Sulawesi Utara (UNSUT), lalu menjadi Universitas Sulawesi Utara Tengah (UNISUT), kemudian menjadi UNSULUTENG , dan terakhir menjadi Universitas Sam Ratulangi (Unsrat) sebagai penghargaan atas jasa-jasa pejuang dan tokoh Nasional asal Sulawesi Utara Dr. G.S.S.J. Ratulangi.
Penerimaan mahasiswa pertama tercatat 65 mahasiswa dan kuliah pertama diberikan pada tanggal 8 Juni 1959. Fasilitas perkuliahan saat itu masih serba pinjaman dan berpindah-pindah dari satu tempat ke tempat yang lain. Kantor Tata Usaha mula-mula bersama-sama dengan Kantor Pusat UNSUT bertempat di Pastori Katolik (Bons Gewbouw) Jalan Sam Ratulangi, kemudian dipindahkan ke rumah Keluarga Paath, BA di Jalan Toar Manado, lalu pindah lagi ke Kompleks RSU Gunung Wenang Manado.
Kuliah-kuliah dilaksanakan di tempat-tempat pinjaman seperti sekolah gedung-gedung bioskop, rumah-rumah dokter, aula RSU Gunung Wenang, dan lain-lain. Semangat membangun Fakultas Kedokteran merupakan modal yang paling besar. Walaupun hanya dengan fasilitas yang sangat minim tetapi berbekal semangat yang tinggi, maka perkuliahan dapat berjalan cukup lancar. Tanggal 28 Mei 1959 selanjutnya diperingati sebagai tanggal lahirnya Fakultas Kedokteran dan tanggal 28 Mei dirayakan sebagai Dies Natalis FK Unsrat.
Saat ini FK Unsrat memiliki 15 program studi yaitu Program Studi Pendidikan Dokter, Program Studi Pendidikan Dokter Gigi, Program Studi Ilmu Keperawatan, Program Studi Pendidikan Dokter Spesialis Ilmu Penyakit Mata, Program Studi Pendidikan Dokter Spesialis Ilmu Kesehatan Anak, Program Studi Pendidikan Dokter Spesialis Obstetri dan Ginekologi, Program Studi Pendidikan Dokter Spesialis Ilmu Penyakit Dalam, Program Studi Pendidikan Dokter Spesialis Ilmu Bedah, Program Studi Pendidikan Dokter Spesialis Ilmu Penyakit Kulit dan Kelamin, Program Studi Pendidikan Dokter Spesialis Kedokteran Fisik dan Rehabilitasi, Program Studi Pendidikan Dokter Spesialis Ilmu Penyakit jantung dan Pembuluh Darah, dan Program Studi Pendidikan Dokter Spesialis Neurologi.